畑にいる様々な菌
糸状菌（しじょうきん）
かびのことをいう。糸状の菌子体を形成する病原菌で、フザリウム、バーティシリウム、ピシウム菌などがあり、これによる代表的な病気としてべと病、ボトリチス病、つる割病等がある。
硝化菌
硝酸菌と亜硝酸菌。アミノ酸を硝酸にする
VA菌
土壌のチッソやリン酸、ミネラルを吸収して植物に供給
菌根菌
菌根圏（きんこんけん）にいる菌（VA菌、根粒菌等）
光合成細菌
紅色硫黄細菌等。根の障害を予防するが嫌気で働く。
酵母菌
通性嫌気 炭酸ガスで団粒化。
放線菌
固いキチン質を分解
クロストリジウム菌
クロストリジウム菌
セルロースを分解する
納豆菌（なっとうきん）
デンプンも、タンパク質も、セルロースも分解する。なんでも分解する分解屋さん バチルス菌
土着菌
土着微生物（どちゃくきん・どちゃくびせいぶつ）
世の中は菌であふれている。身のまわりの自然――山林や竹林、田んぼなどから菌はいくらでも採取できる。たとえば林の落ち葉やササをどかすと真っ白な菌糸のかたまり（これを「ハンペン」とよぶ）が採取できるので、これをボカシ肥などのタネ菌として利用する。かつて、さまざまな市販微生物資材が一世を風靡した時代があったが、最近では、その土地に昔からあり、その地域環境に強く、しかも特定なものでなく多様な土着菌こそが大切であるという考え方が広がっている。
土着菌は、採取する場所によって、あるいは季節によって性格が少しずつ違い、その活用には観察眼と技術がいるが、それがまた土着菌のおもしろさでもある。その土地に合っているせいか、市販の微生物資材にはないパワーを発揮することもよくあるし、もちろんおカネがかからないのもいいところだ。
EM菌
好気性細菌（こうきせいさいきん）
土中にいる細菌のうち、酸素の多い状態を好むものをいう。
生育・生存に対して、空気（つまり酸素）が有効な場合、好気性であるといい、その反対に有害な場合を嫌気性という。
嫌気性細菌（けんきせいさいきん）
好気性（こうきせい）の相対語。空気が嫌いな菌’s
土中の微生物には、細菌、放線菌、糸状菌、そう類、原生動物などがある。このうちの細菌には、酸素が多いときによく生育し繁殖するものと、逆に、酸素の少ないときによく生育し繁殖するものとの区別があり、その後者を嫌気性細菌または嫌気性菌という。 なお、前者は好気性細菌（こうきせいさいきん）といわれる。
